জাপান দাবি করতে পারে, খ্রিস্টপূর্ব ৬৬০ অব্দ থেকেই তাদের সম্রাট ছিল। কিন্তু মধ্যযুগে এসব সম্রাটের ক্ষমতা ছিল খুবই সামান্য। ১১৯২ থেকে ১৮৬৭ সাল পর্যন্ত এই ক্ষমতা কেন্দ্রীভূত ছিল শোগানদের হাতে। এটি উপাধিবাচক শব্দ। এর অর্থ হচ্ছে সর্বোচ্চ সেনাপতি বা কমান্ডার।
৭২০ সালের দিকে উত্তর জাপানের আইনুদের দমন করার জন্য সর্বপ্রথম শোগান নিযুক্ত করা হয় এবং পরে এই পদটি স্থায়ী হয়ে যায়। ১১৯২ সালে মিনামোতো ইওরিতোমোকে শোগান উপাধি দিয়ে তার হাতে পুরো জাপানের সামরিক পরিবারগুলোর কর্তৃত্ব অর্পণ করা হয়। এসব সামরিক পরিবারের ক্ষমতা বৃদ্ধির সঙ্গে সঙ্গে শোগানদেরও ক্ষমতা বাড়তে থাকে। কার্যত শোগান শাসন ছিল সামরিক একনায়কতন্ত্র এবং এটি ছিল বংশানুক্রমিক।
১৩শ সালের দিকে আশিকাগা পরিবার এই উপাধি বা পদটি দখল করার আগ পর্যন্ত মিনামোতো পরিবারের সদস্যরাই উত্তরাধিকার সূত্রে এই পদটি লাভ করত। এই পরিবারটি ১৬শ সাল পর্যন্ত জাপান শাসন করে। এরপর তোকুগাওয়া পরিবার শোগানের পদ দখল করে নেয়। ১৮৬৮ সালে শেষ ততকুগাওয়া শোগান রাজদরবারের বিদ্রোহের মুখে সম্রাটের হাতে শাসন ক্ষমতা ফিরিয়ে দেন।