১৬০০ সালে জাপানে ক্ষমতার দ্বন্দ্ব দেখা দেয়। এরই পথ ধরে ১৬০৩ সালে তোকুগাওয়া পরিবার ক্ষমতার পাদপ্রদীপে আবির্ভূত হয় এই পরিবারের প্রধান তোকুগাওয়া আইয়াসুর নেতৃত্বে। আইয়াসু শোগান তথা সেনা একনায়ক নিযুক্ত হন। তিনি সামরিক সদর দফতর প্রতিষ্ঠা করেন এডোতেÑ১৮৬৮ সালে যার পুনর্নামকরণ করা হয় টোকিও-কার্যত যা জাপানের রাজধানীতে পরিণত হয়। জাপানি সম্রাটগণ কিওটোতে তাদের নামমাত্র রাজধানী সংরক্ষণ করতে থাকেন।
তোকুগাওয়া পরিবার শোগান নামে ১৮৬৮ সাল পর্যন্ত ক্ষমতায় থাকে। প্রথমদিকে এই পরিবার খ্রিস্টান মিশনারিদের ভয় করত, কারণ জাপানে তাদের সাদরে গ্রহণ করা হয়েছিল। কিন্তু ১৬১২ সালে জাপানে খ্রিস্টান নিধন শুরু হয়। তোকুগাওয়ারা পর্যায়ক্রমে খ্রিস্টান মিশনারি এবং সেখানে জেঁকে বসা ইউরোপীয় বণিকদের বিতাড়িত করেন।
১৬৪১ সাল অবধি নাগাসাকি বন্দরে একমাত্র ওলন্দাজরা একটি বাণিজ্য কুঠি টিকিয়ে রাখতে সক্ষম হয়। কার্যত বহির্বিশ্ব থেকে জাপান বিচ্ছিন্ন হয়ে পড়ে। ১৮৫৪ সালে আমেরিকানরা বন্দুকের নলের মুখে বাণিজ্যচুক্তি সম্পাদন করা না পর্যন্ত মূলত জাপান বিচ্ছিন্নই থাকে।